PARA MIMO !

Hola, el problema de tu pierna seguramente será por la cantidad de aeróbico que haces, tanto en bicicleta como en ir a correr apostaría a que son sesiones largas de tiempo.
Tienes varias opciones a elegir, entrenar de diferente manera los aeróbicos, por ejemplo:
Subidas de cuesta en sprints, sprints en llano, sprints con lastre, tanto en bicicleta como en carrera. De esta manera se trabaja más la masa muscular de una forma explosiva que en forma de resistencia prolongada.
Otras opciones son, eliminar cantidad de aeróbicos y aumentar el entrenamiento de piernas 1 o 2 veces por semana. 
Fraccionar el entrenamiento de piernas conjugando con otros grupos musculares respetando sus respectivos descansos para no sobreentrenar las piernas, éstas requieren un descanso mínimo de 2 días para que puedan crecer en condiciones. Un ejemplo sencillo seria por ejemplo: lunes 1grupo (pecho o cualquier otro grupo grande como dorsales) junto a otra parte de las piernas cuádriceps. Miércoles (el grupo que toque) junto a femorales y glúteos. Viernes (El grupo que toque y gemelos).
De esta manera tienes más repartidos los descansos y puedes añadir más cantidad de ejercicios para cada parte de la pierna.
A través de estas pautas ya puede elaborarte un mejor entrenamiento para tu situación.
Un saludo.

Hola de nuevo, puedes acoplar los femorales y glúteos el viernes junto a hombros y trapecio, sería un entreno completo pero te cuadraría la perfección. El martes sólo con cuádriceps lo veo un día pobre por lo que añadiría gemelos también, o cambiaría Lunes Pecho y Cuádriceps, Martes Bíceps, antebrazo y gemelo, de esta manera te cuadraría bien.
La carrera en ciclismo puedes acoplarla cualquier día que no entrenes piernas excepto los gemelos por ejemplo, el lunes-miércoles o teniendo en cuenta lo que te comenté antes, los días que no entrenes ni cuádriceps ni femorales.
Un saludo.