Windows Mail

Pero exactamente que quieres hacer, borrarlos o eliminarlos? perdona mi tardanza en responder ;-)

Vale, perdona porque yo tambien me equivoque al preguntar, queria decir borralos o conservarlos, vale pues lo que quieres hacer si que lo puedes hacer ya que en el Windows Live Mail se quedaran guardados todos tus correos, quiero decir, si quieres mas espacio pues si ya tienes todos los mensajes que quieres en el windows live mail, te conectas a tu cuenta de correo via web, a esta página:
http://login.live.com
Borras de ahi todos los mensajes que tengas y aun asi todos tu mensajes que estan en el gestor de correos Widnows Live Mail seguiran ahi sin borrarse y cuando te lleguen nuevos correos tambien te llegaran a windows live mail, pero por si acaso, haz primero la prueba borrando un email de tu cuenta y luego actualizando el Windows Live Mail y viendo si ahi no se ha borrado (por si acaso) saludosss y cualquier duda pregunta ;-)

Bueno no he trabajado nunca con ese gestor de correos porque no uso windows vista pero por lo que he leido puede hacer lo mismo:
Los mensajes de correo electrónico se almacenan ahora en archivos individuales en vez de en una única base de datos. Un índice transaccional de base de datos permite la búsqueda en tiempo real y mejora la estabilidad y confiabilidad de los datos almacenados. En caso de corrupción, los índices pueden ser reconstruidos a partir de los archivos de mensajes.
La información sobre la cuenta no se almacena completamente en el registro. En lugar de esto se almacena junto al correo mismo, haciendo posible copiar una configuración entera de Windows Mail y mensajes almacenados a otro sistema en un simple paso.
Osea que prueba a utilizarlo y borrar algun mensaje desde la web para observar si se borra desde el gestor de correo electronico, si no se borra ya esta, solo tendrias que guardar la sesion de el correo electronico, la cosa es wue no se como se hara ni tengo un windows vista para indicarte los pasos a segir, pero alomejor si investigas tu un poco puedes encontrar la manera de hacerlo.