¿Tengo algún virus?

Hola:
Tengo un certificado digital para usarlo con Hacienda o la seguridad social. He tenido algunos troyanos en mi PC, pero creo que están eliminados. Ahora cuando quiere acceder  a un sitio con mi certificado, se abre una mensaje diciendo: Una aplicación está solicitando acceso a un elemento protegido. Clave privada de Crypto A.
Y en detalle ponen que la aplicación es: C:\Archivos de programa\Internet Explorer\iexplore.exe
¿Es eso normal? He pasado el Malwarebytes AntiMalware y lo que detectó lo pude eliminar. El CCleaner no ha detectado nada. Pero el Prevx que tengo en versión gratuita me detecta un montón de archivos infectados que no puedo eliminar. Ya no sé qué hacer.
Gracias
Cat

Hola:
Gracias por contestar. Me preocupa, ya que hace una semana he tenido el virus BOO/Sinowal.E. Con los diferentes programas Avira, Malware, Gmer y no sé que más creo que se ha eliminado. Aún así tengo siempre algún troyano que me detectan. Por eso me preocupa que algún virus intenta leer mi certificado digital. Esta noche analizaré de nuevo el PC con Avira. A ver qué me dice.
Gracias
Cat

Muchísimas gracias. He desactivado algunas cositas que no me gustaban. Por si tengo algún troyano o virus pondré una nueva pregunta en este foro. Me has ido de gran ayuda.
Saludos
Cat