Si es tu primer corto en stop motion te recomiendo que no te compliques la vida, la estructura del muñeco será lo de menos cuando veas lo complejo que es animarlo ;) en cualquier caso, aquí tienes unas cuantas cosas que te pueden servir:
1.- pásate por esta tienda, tienen de todo lo que necesitas http://www.animationtoolkit.co.uk/armature-kits/
2.- Busca en youtube videos sobre "diy stop motion puppet".
3.- Debes preparar un escenario al que puedas acceder por debajo sin moverlo para atornillar los pies a cada paso del personaje, y ten en cuenta que deberá estar montado durante muchas semanas, así que ponlo donde no te estorbe.
4.- Lo más fácil de encontrar y usar para hacer el muñeco es silicona, yo te recomiendo la de marca Smooth-on, concretamente Dragon Skin, tienes varias durezas. La dragon Skin normal es shore A10, la Dragon Skin Pro es más blanda, shore 2, y luego tienes las ecoflex, que son se décimas (0,30 y así). Dependerá de lo grueso que sea tu muñeco, grande y pesado. Piensa que 1 litro escaso de silicona son unos 35 euros más los gastos de envío, y el molde debe ser de resina de poliuretano, si lo haces de escayola no fraguará bien la silicona.
También podrías hacerlo de espuma de poliuretano pero no te sirve la que venden en ferreterías, necesitas que sea flexible, también hay una de marca smooth-on que se llama flex-foam it, pide la más blanda, se expande hasta 15 veces así que con solo un poco de material te sale un muñeco entero. El molde debe ser de silicona para moldes o látex, reforzado con una armadura exterior.
Si vives en Madrid lo puedes encontrar o encargar todo en Manuel Riesgo. Si no, lo puedes comprar por internet en formfx, que está en Barcelona, pero ojo que los precios son sin IVA.
Espero que te salga bien, y sobre todo, muchísima paciencia. Suerte!