Poner suelo nuevo sobre suelo muy irregular

A ver, lo ideal sería hacer un recrecido con mortero, en otras preguntas he explicado como se hace aunque si lo deseas no dudes en preguntar y te lo explico de nuevo. Aunque otra manera, es como si fueras a colocar una tarima exterior de madera pero en el interior. Para ello se colocan rastreles en el suelo pegados con espuma de poliestireno y calzados con cuñas para que queden todos a nivel. La separación entre ellos debe ser de unos 40 cm.
A partir de ahí, cuando tienes todos los rastreles colocados, los puedes cubrir con madera ya acabada, por ejemplo de pino en autoclave, o bien, colocar madera cualquiera que no sea bonita y embaldosar por encima.
No se si me explico.

Una solución sensata sería levantar el actual suelo de losas ya que el actual es inservible como base. Se excavarían unos 30cm en el suelo para hacer una solera al suelo de planta baja para evitar futuras humedades, grietas, asientos, movimientos debido a raíces y otros elementos, etc. Los 15 primeros cm serían de grava, se colocaría un lámina impermeabilizante separadora y encima se colocarían 10 cm de losa de hormigón con mallazo. Los últimos 5 cm serían para colocar el tipo de pavimento que prefiera.
Es una solución sencilla, no es costosa pero algo laboriosa. Cualquier otra solución sería invertir dinero en cosas que no funcionarían y en breve estarían deterioradas. Un buen pavimento es importante ya que protege el interior de la vivienda de humedades y de posibles accidentes y tropiezos con su planeador.

Lo más económico es levantar las baldosas sueltas y rellenarlo de mortero.
Luego, pones una manta de PVC que cuesta 1 euro el m2 y encima pones PERGO de oferta, cuesta a 3, 4 euros el m2 en el Leroy Merlin, Bricodeport etc.
El pergo aguanta bien la humedad " no de continuo " pero la aguanta.
Con pocos euros tendrías el suelo nuevo.

Si el árbol que tienes al lado de la casa es viejo, las raíces no van a crecer de diámetro mucho más, por lo que si quitas las losas y miras la distancia que hay entre el suelo y la raíz que te causa el problemam podrás quitarlas y rellenar de nuevo la base sin compactarla demasiado y eso te debería solucionar el problema por algunos años, ye aconsejo que el relleno lo hagas con una mezcla de cemento y cal de tejar al 50% y sobre ello colocar las losas de nuevo, es económico y fácil de realizar

La solución más económica y sencilla a la vez que menos definitiva (claro está) sería levantar el suelo actual y allanar la base con una capa de arena (que en parte ya existirá) y por encima de ella colocar con mortero un nuevo pavimento.
La solución definitiva sería excavar un buen trozo de suelo para ejecutar una solera de hormigón armada y encima de ella adherir un solado con cemento cola.