¿Soldar tubo con agua dentro?

Me temo que no, por lo tanto tienes que vaciar esos tubos como sea, soplando o metiendo una goma y aspirando.

Lamentablemente es imposible soldar con los tubos llenos de agua, disipa el calor y no permite fundir el metal. Deberías de tener unos purgadores para sacar el agua, aunque no sea toda, pero que no llegue a esos puntos a soldar. Y si no la clásica solución casera, la chapuza con poxilina, pero eso es para salir del paso, no da seguridad ninguna.
Seria una buena ocasión para instalar un grifo o un tapón para quitar el agua.

Cuando tienes que hacer soldaduras y no quieres vaciar al completo una instalación lo que haces (con equipos especiales y más o menos caros) es "fabricar" tapones de hielo a los lados del sitio donde debes trabajar de esa manera vacías solo una sección de tuberías, por lo que dices lamentablemente no creo que sea ese tu caso por lo que esta técnica no seria de aplicación.
Hasta donde yo se no hay otra forma de soldar cobre "con agua dentro".
Lo siento no poder serte más útil.

Profesinalmente se podría hacer con una m´quina que congela el agua, pero sino hay que vaciar el circuito.