Problemas graves en comunidad de vecinos

Buenos días mi problema es el siguiente:
Tengo un local en una comunidad donde hay 2 bloques de pisos con un patio de luces en común y 4 locales. Mi local tiene unos 128metros y e hecho una agrupación comercial para poder poner otro comercio el cual me ha sido concedido por el Ayuntamiento. El comercio que quiero poner es una panadería artesana de panes especiales, y el horno que tenemos es ecológico, es decir, es como el que tenemos en las casas pero más grande (no es indudtrial). Fuimos a hablar con la ingeniera del Atuntamiento y nos comentó que por ley teníamos que sacar un tubo de renovación de aire por el patio de luces hasta el tejado para darle salida. Ante esto hicinmos la reunión correspondiente con la comunidad de vecinos y se firmó en acta que si nos dejaban ponerlo y que si acarrearan desperfectos o ruidos nos haríamos cargo de todo. Pues bien la obra se empezó a realizar, se hizo la separación del comercio, es decir ya lo hemos echo todo pero nuestra sorpresa fue cuando empezamos a poner el tubo por el patio de luces y los vecinos del edificio que da a la otra calle llamó a la guardia civil y me denunciaron.
Llamé al Administrador de fincas y resulta ser que en la escritura de división hgorizontal los dos bloques de pisos que están situados en dos calles distintas y por las cuales entran por puertas diferentes por lo que en su día no se constituyó una comunidad de propietarios ni subcomunidades y cada bloque pagaba sus gastos. De eso nos hemos enterado ahora muchos vecinos. Es decir los pisos tienen 29 años y en todos esos años cada comunidad sin pedir permisos ni actas donde hayan firmado han echo lo que han querido por separado y ahora el otro bloque de pisos me pide explicaciones y me han denunciado por poner un tubo por nuestra medianera y que supuestamente a ellos no les importa ya que ellos no han pedido permiso a mi bloque de pisos nunca cuandon se hna hecho cerramiento de galerías, aires acondicionados, calefacción, etc.
Mi pregunta es la siguiente: ¿Yo tengo potestad de poner el tubo si la que es "mi comunidad a firmado y están todos los papeles de licencias y demás en orden? ¿se puede negar la "otra comunidad" cuando nucna han pedido permisos a la nuestra?
Hay 2 libros de actas, es decir que en la Administración se ha ido por separado pero no hay actas ni papeles que lo acrediten como tal. También decir que el administrador se dio cuenta de su fallo y fue el quien paro la obra, no la paro ni la policía ni el inspestor del ayuntamiento.
¿Podría demandar al Administrador por pararme la obra y perder días para la apertura del negocio? ¿Quién paga a los trabajadores que estuvieron intentando poner el tubo? Se que es muy enrevesado y la verdad no se que debo hacer...