Entiendo que la factura corresponde al consumo de las 3 viviendas y que luego lo prorrateáis según algún criterio, m2 vivienda, habitantes vivienda u otro cualquiera.
Lo primero que debes comprobar es si tenéis alguna fuga en la parte común de la instalación, para esto cerrad todas las llaves de paso de las viviendas y comprobad que el contador no cuenta, si la lectura del contador varía en un plazo de, digamos de un par de horas, tenéis una perdida de agua entre el contador general y las llaves de vivienda, puede ser una fuga que no se manifieste porque el agua se va al terreno y no sale humedad o algún grifo de zona común (patio, trasteros, etc..) que esté abierto.
Si la prueba es correcta y la lectura del contador no varía con la llave cerrada, id abriendo las viviendas una a una para comprobar que ninguna tiene fuga, realizando la misma prueba, abrís una vivienda y dejáis un tiempo para comprobar que el contador no se mueve, y así con todas las viviendas.
Si aún así no se mueve la lectura del contador, puede deberse a una perdida ocasional, es decir, que alguien se haya dejado un grifo abierto, aunque esto no vas a poder comprobarlo, si no confiesa ningún vecino...
Otra posibilidad, aunque pequeña, puede deberse a que os hayan estado facturando con una lectura estimada, sin ir a ver la lectura del contador, y en la última haya pasado una factura con la lectura real, de manera que en esta factura regularicen el consumo.
Y por último existe la posibilidad de que el contador esté estropeado, para comprobar esto debéis solicitar una comprobación del contador, aunque si el contador está correcto os facturaran la operación.
Lo que si os recomiendo es que instaléis contadores divisionarios, que midan el consumo de cada vivienda, de forma que podáis comprobar lo que consume cada vivienda.