Afinando XS 400

Tengo una Yamaha XS 400 con motor 12E, que compré con un problema de motor (para reparar y restaurar). Cuando desmonté el motor, me encontré con que uno de los pistones tenía un agujero en el que cabía mi dedo, y una de sus válvulas estaba doblada. Cómo los cilindros aparentemente estaban bien, y el resto del motor, lo que hice fue comprar dos pistones en un desguace con buena pinta, comprar segmentos nuevos, juntas, y la válvula en cuestión. El caso es que lo monté todo de nuevo, y ahora al intentar arrancar me encuentro con un problema espero que de fácil solución. A pesar de que seguí las pautas del libro de taller de la moto (del que solo tengo una parte) para la colocación de las válvulas con respecto a la posición de los pistones, al arrancar me da la sensación de que el avance del encendido está descoordinado (además de que necesite un reglaje de válvulas), y después de muchos intentos finalmente arranca pero haciendo un ruido raro, como forzado, y sólo se mantiene arrancada acelerando (no mantiene el ralentí). No soy mecánico, sólo un aficionado a la mecánica, y esta es mi primera moto de 4 tiempos, por eso estoy perdido. No se como arreglar el tema del encendido o el avance.