Limpieza motor y no tiene caudal continuo

bien me explico:

al no tener presión, desmonte todas las válvulas, algunas tenían retos que basura pero no suficiente, notaba que no iba bien el motor y hacia ruido, desmonte el motor lo separe del motor y estaba bastante taponado con basura y arenilla.

se limpia y se coloca, todo ok hasta que:

abro las válvulas, tengo tres, skimmer, sumidero y limpiafondos y noto que la entrada de agua no es constante, es como si tuvieran aire en las tuberías, pero lo raro que cuando abro la válvula de limpiafondos va como un tiro, pero con las demás no.

eso por un lado por otro:

la piscina es de cloración salina, el problema que me esta surgiendo este año, es que me salen muchas algas en las juntas, lo barro pero vuelven a salir, tengo el cloro controlado y el ph un poco alto,, pero estos años atras no me pasaba esto?

gracias por su tiempo.