Si lo que necesitas es un número pequeño de tarjetas, lo más sensato es que las compres ( Advantech o similares ), si es para un diseño y posterior producción, la cosa cambia, lo que ocurre es que no se puede hacer como con el bus ISA que se decodificaban unas direcciones, se ponía un buffer para entrada/salida y listo... el bus PCI requiere un controlador que se identifique ante el PC y un desarrollo mucho más complejo.
Hay empresas como PLX ( quizás la más fuerte en este terreno ) que ofertan chips especializados para bus PCI y detrás de este 'chip' el usuario puede establecer su circuitería, te adjunto algunas direcciones para que te familiarices con esta tecnología:
http://www.plxtech.comy en concreto...
http://www.plxtech.com/products/toolbox/9050.htmhttp://www.plxtech.com/products/9030.htmhttp://www.plxtech.com/tools/Etc.