Problema con java

Hola
Tengo un certificado digital que necesita twener instalado el java para funcionar. Yo tengo instalado el J2SE RE 5.0 y me dice que mi version de java es antigua y que instale la J2RE SE V 1.4.
¿Me podría decir en qué se diferencian el J2RE SE V 1.4 y el J2SE RE 5.0?
¿Por qué funciona con uno y con el otro no si los dos son java?
Muchas gracias