¿Disco duros externos acostados?

Ocupan el mismo espacio de una manera que de otra... pero respondiendo a tu pregunta, es recomendable tenerlos horizontales para que no se descalibren las cabezas con el paso del tiempo y las vibraciones. Aún así, para un uso puntual, te puede valer.
Si va a ser permanente, te recomiendo una caja más grande.
PD: No te olvides del tema del calor, que puede ser un problema.