¿Colgados?

Para saber quien está conectado a tu pc y por que puerto debes ir a ms-dos (cierra todos los programas que tengan conexión para identificar al intruso). Pon netstat -an y te saldrán las conexiones activas y los puertos. Si te aparece alguna ip y no estás conectado a nada es muy probable que sea un intruso. Una vez que tienes su ip puedes buscar información sobre esta con programas como el iptools, que te dice el nombre del equipo, la compañía que le da acceso a internet, etc... Además existen programas llamados anti troyanos que detectan estas cosas (no son infalibles).
Si tienes recursos compartidos, entonces es mucho más fácil para el intruso meterse en tu pc. Ponle una clave a los compartidos o no compartas nada.
Espero haberte ayudado, de todos modos que tengas archivos "raros" no quiere decir que alguien se esté metiendo en tu pc, estos archivos pueden estar generados por programas que tienes en tu pc o que se te meten por internet, como los spyware.