La pregunta no es nada simple, aunque sea muy corta. Podría ponerte muchos ejemplos de elementos que cuesta separarlos, por ejemplo la plata y el oro fundidos aunque por destilación se podrían separar, el hierro y el carbono cuando forman un acero luego es difícil volver a obtener hierro de ese acero, las mezclas de gases nobles son complejas de separar dado que sus puntos de evaporación son similares y cuesta bajar a esas temperaturas y habría muchísimos más como puedan ser aleaciones de todo tipo pero normalmente de una u otra forma se pueden separar o al menos ahora no se me ocurre el ejemplo en que no sea así. A parte un elemento puro normalmente tiene propiedades físicas y químicas propias y facilita la tarea de separarlo. El problema realmente nos viene cuando intentamos separar moléculas, sobretodo en el campo de la orgánica se diferencian por muy poco, incluso tienen los mismos elementos conectados igual pero con diferencias casi insignigicantes, aunque si es útil separarlas alguien acaba encontrando la manera de diferenciar una de la otra. Se que no te he dado una respuesta clara pero dudo que la encuentres por que no la hay, se puede comparar los costes económicos entre una y otra separación pero de ahí a conocer todas las separaciones posibles es imposible, dado que cada día surgen nuevas separaciones para moléculas nuevas parecidas.