Cambiar el variador a una neo's

Cualquier modificación sustancial de un elemento activo del motor anula la garantía. Y el que citas lo es.
Lo que pasa es que, si tienes algún problema, es muy fácil para la fábrica darle la culpa a esa modificación, sin embargo, tu tienes muy difícil demostrar lo contrario.
También depende del sentido común de tu concesionario. Muchas averías, incluso fuera de garantía, han sido asumidas por concesionarios/fabricantes serios, si era un fallo evidente del material original.
Aunque se den cuenta, mientras no haya averías, les traerá sin cuidado.