Retribución administrador

Tengo que contabilizar la retribución de una administrador (que es socio mayoritaria a la vez) que no tiene relación laboral con la empresa ¿cómo lo hago? La empresa paga las cuota de autónomos y por lo que he podido averiguar se tiene que realizar retención sobre este importe y contabilizarlo como retribución en especie ¿esto se hace aunque no tenga relación laboral?