Retribuciones en especie

Las retribuciones en especie son precisamente el pago del autónomo. Si tienes diferencia será porque el recibo de autónomo lo contabilizas como un gasto de seguridad social de la empresa y eso no es correcto. El pago del recibo de autónomo lo debes de adeudar a la misma cuenta que contabilizas la retribución en especie, que generalmente debe ser una 476, que es donde debes abonar esa retribución en especie en nómina, con lo cual te dejaría la 476 a cero. (Mejor si utilizas una 476xxxx diferente que la que se utiliza para el pago del TC2).
Si te queda alguna duda me lo dices y te la aclararé.

El problema es que el importe del salario en especie bruto antes de deducir las retenciones de IRPF es el mismo importe que se paga de autónomo

Es que es justo eso. Si la duda que tienes es cómo contabilizrlo te pondré un ejemplo de asientos:
El asiento de la nómina será:
Debe de Sueldos y salarios (640): Por el Bruto, o Total Devengado. (Incluida la retribución en especie, que en realidad se añade a a los sueldos pagados por la empresa).
Haber de la 476.1 (también puedes utilizar la 471, pero es lo de menos, siempre estará a cero): Por el importe de la retribución en especie.
Haber de la 476.0: Por la seguridad social a cargo del empleado.
Haber de la 4751.1:Por la retención a cuenta del IRPF
Haber de la 4751.3: Por la retención a cuenta del IRPF de la retribución en especie.
Haber de la 465: Por el Liquido de la nómnina pendiente de pago.
Cuando pagues un recibo de autónomo:
Debe de la 476.1 (ó 471): Por el importe del autónomo.
Haber del banco 572.
Como verás, la cuenta que uses para controlar las retribuciones en especie (476.1 o 471) quedará a cero todos los meses en cuanto lo contabilices todo.
Cada trimestre se tendrá que declarar el modelo 110 y separar en la casillas correspondientes los importes satisfechos en especie de los dinerarios, por eso es mejor utilizar cuentas separadas de la 4751 para las dos retenciones.
La contabilización del pago del modelo 110 sería:
Debe de la 4751.1: Por la suma de las retenciones por salarios del trimestre.
Debe de la 4751.3: Por la suma de las retenciones por retribuciones en especie del trimestre.
Haber de la 572
Si te queda alguna duda, me lo dices. Feliz Año.

Así lo he hecho, pero no ueda a cero, ¿ya qué la retribución en especie es por ejemplo 250? ¿Antes de deducir el irpf y el pago del autónomo es 250?. Por tanto la cuenta 476.1 no me queda a cero
Gracias y feliz año

No lo habrás hecho como te he dicho. Repasa bien el asiento porque lo que has de abonar a la 476.1 es la retribución en especie SIN DEDUCIR EL IRPF, porque el IRPF se abona a la 4751.3

¿La nomina es de 2.250? ¿Y 250? De retribución en especie. ¿En la nomina aparece el I.R.P.F del 18% de 2.250? ( ¿405?).
Entonces el asiento que hago :
64( ¿2500?) A 4751.( ¿405?)
                        475.3( ¿45?)
                        476.02(250-45)
                      465 ( 1.¿845?)
¿Cuándo pago el autónomo es de 250? Y por tanto hago:
476.02(250) a 476.02( 250)
¿Así tengo una diferencia en la 476.02 de 45?