Deducción por obras de mejora.

Buenos días,
hace seis meses adquirimos una vivienda mi mujer y yo en Madrid. Hemos realizado obras de mejora desde mayo hasta julio: cambio de ventanas, instalación eléctrica, etc. En total 18.000 euros pagados por transferencia y con factura detallada. Además nuestra base imponible es inferior a 53.000 euros.
En principio cumplimos con los requisitos para poder deducirnos el 20% por obras de mejora, pero hay un aspecto que nos hace dudar, y es el de "incompatibilidad de este régimen con el de deducción por vivienda habitual".
¿Este apartado quiere decir que si tenemos un préstamo para la adquisición de la vivienda no podemos deducirnos por obras de mejora? El dinero de las obras de mejora no procede de la hipoteca...
Muchas gracias por anticipado.