En primer lugar, entiendo que si te ciñes que la nota es la que se hace media de los controles escritos, te extrañe que habiéndolos aprobado con nota superior a cinco, le hayan suspendido.
La cuestión radica en los Criterios de Evaluación.
Estos criterios, fijados por le grupo de profesores que imparte clase a un grupo de alumnos, indica cuales son, a juicio del profesorado, los items que deben coincidir para que la evaluación tenga una nota positiva.
Si en esos Criterios, el profesor o grupo de profesores entiende que los controles escritos forman el 30% de la nota, por poner un ejemplo, habrá otros criterios para que formen el 70% restantes.
Así en tu caso, tu hijo tendrá aprobados los controles, pero con ellos aprobados, no llegan al 50% para tener la nota de aprobado.
Por lo tanto, y concluyendo, pide cita al profesor/es que han suspendido a tu hijo y que te expliquen los Criterios de Evaluación aplicados.
En caso de no estar de acuerdo con ellos, pide cita a Jefatura de Estudios y si tampoco te convence la respuesta, vete al Servicio de Inspección Técnica, que te escucharán y tomarán cartas en el asunto.