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Existe un riesgo.
La menstruación no significa que no haya un óvulo listo para ser fecundado.
En vuestro caso el riesgo es menor, al utilizar condón, siempre que lo hicierais correctamente y éste no se rompiera o derramara su contenido.

Como sabes ningún método anticonceptivo es 100% seguro, y aunque ella haya estado en sus días, si no es regular también pudo haber quedado embarazada..
Pero las posibilidades son prácticamente nulas, porque si no tuvieron ningún problema con el condón y además ella estaba en sus días, como te dije las posibilidades son prácticamente imposibles, así que no te preocupes...
Y sigue preotegiendote..