Te comento, la semana de descanso es justo lo contrario, hasta donde yo sé, cuando se hace es para que se produzca el periodo (se suele llamar sangrado por deprivación hormonal, justamente cuando se dejan de administrar hormonas con las pastillas), pero sigue estando protegida de embarazo durante todo el mes. Las píldoras anticonceptivas funcionan impidiendo la ovulación durante todo el mes, aunque en esa semana no es necesario porque el cuerpo está en el momento del ciclo en el que no hay hormonas para producir ovulación, por lo que no hay riesgo de embarazo. Por lo general el sangrado suele aparecer justo esa semana de descanso, aunque hay casos en los que no es así, por factores personales, pero sigue sin haber riesgo de embarazo siempre y cuando empiece de nuevo a tomarlas cuando le toca, independientemente del sangrado.
Los días fértiles son, generalmente entre 4 y 5 días tras el fin del periodo, dura poco más de una semana y en esos días es cuando se produce la ovulación, que en caso de tomar pastillas directamente no se produce, pero sí se produce todo el proceso en el útero para alojarlo y por eso hay sangrado. Todo lo que te acabo de comentar de días es aproximado, cada mujer es un mundo y dicho días se pueden alterar mucho, pero mientras se esté tomando la pastilla y no produzca ninguna interacción con otros medicamentos, generalmente antibióticos y lo que ponga en el prospecto, no hay óvulos ningunos formados en su cuerpo.
Respecto a lo de fiebre, nauseas y dolores, tiene pinta de ser otra cosa, pero no parece por un embarazo. Por la fiebre puede indicar que sea algún tipo de infección o proceso inflamatorio que si continúa debería verla un médico.
Espero que te haya ayudado y que tu pareja esté bien o se mejore pronto, si no es así.