Permiso retribuido

Hola: Durante mi jornada laboral me tengo que ausentar de mi puesto de trabajo, durante dos horas aproximadamente, para que el medico de la seguridad social me rehabilite un dedo (es un permiso retribuido). La cuestion es que por necesidades de la empresa hago siempre una jornada superior a la del convenio, que luego se me compensa en dias libres ese exceso de horas. ¿Cuenta como tiempo de trabajo ese permiso para ir al medico?
muchas gracias.