Dudas sobre fin de contrato al estar de baja

Hola.

Tenia un contrato de sustitución y durante el mismo caí de baja por enfermedad discapacitante para trabajar y asisto a la mutua para los controles rutinarios y visto bueno

La situación es....me llamaron de la empresa para finalizar el contrato ya que me comunican que ya se ha incorporado la persona que sustituía....y me dan un certificado de baja por enfermedad para entregarlo a la seguridad social...y así continuar de baja por la Seguridad Social..pero al llevarlo me dicen que lo tengo que entregar en la Mutua correspondiente....y mi pregunta es....si ya no trabajo pero continuo de baja por seguridad Social....aceptara la Mutua esta situación?

Gracias por vuestro consejo.Un saludo