Retenciones IRPF

En el mes de Enero "sufrí" en la nómina una retención de IRPF del 47 %, la cual achaqué a que fuese un ajuste para el año fiscal, pero mi sorpresa fue mayor cuando vi la misma retención (otro 47%) en la nómina de Febrero, por lo cual decidí llamar a Recursos Humanos de mi empresa.
La excusa que me dieron fue que habían tenido un fallo informático en el programa que lleva las retenciones y al revisarlas a final de año vieron que me tenían que retener "algo más" de lo que lo hacían habitualmente. Les dije que dentro de la mala gestión que habían hecho lo entendía pero que porque lo hacían en mi nomina de Febrero si el año fiscal era de de Enero - Diciembre y esto entraría dentro del siguiente periodo fiscal. A lo cual me contestan que como la empresa había hecho ya su declaración y había puesto el dinero por mis retenciones yo se lo tenia que devolver... La verdad que no me gusto nada la gestión que habían realizado.
Por todo lo expuesto mis preguntas son estas; ¿Es legal lo que han hecho? ¿Pueden ellos variar mi IRPF sin previo aviso dado el elevado porcentaje de diferencia? ¿Deberían de haberme consultado /avisado que IRPF quería que se me retuviese? ¿Podría tomar alguna acción legal por esta mala gestión realizada ya que las consecuencias las he sufrido yo (retraso en pagar mi hipoteca, facturas...?