Atrasos

Hola, me gustaría saber habiendo finalizado el contrato de un trabajador el día 30.12.08 y pasando éste a cobrar el desempleo, si el día 31.03.09 cobra los atrasos correspondientes al 2008, ¿no habría problemas por el cambio de bases de cotización?. El trabajador cobró la prestación en base a un certificado de empresa que ésta le facilitó sin tener en cuenta el cálculo de los atrasos, ahora que los ha cobrado, su certificado es diferente. ¿Qué ocurre en estos casos?. Gracias.