¿Te pueden quitar una paga que está prorrateada en la nómina?

Hay varios trabajadores en la empresa con la misma antigüedad. Tienen 2 pagas prorrateadas en la nómina. ¿ Se puede quitar sólo a uno de ellos una de las pagas que tenía prorrateada y que al pedir qué le suban las bases de cotización, por no estar en regla, adecuen la nómina a un convenio ?

¿ Qué prima más : los derechos adquiridos del trabajador o la adecuación al nuevo convenio, en el que consta una paga de menos?