Recuperar Bonificación Formación Seguridad Social

Buenos días, el mes de enero por error indicamos el pago de la cuota de la seguridad social mediante pago electrónico en vez de en cuenta bancaria de la cuota de Diciembre 2011. Esta cuota incluirá las bonificaciones en cursos que habíamos realizado durante el año 2011.
Preguntado a la Seguridad Social nos indicaron que teníamos que esperar durante el mes de Febrero el recargo por no haberlo pagado, hemos procedido al pago del mismo pero hemos comprobado que no han contemplando las bonificaciones y hemos pagado mucho más que el recargo.
Mi pregunta es si estas bonificaciones se pueden recuperar de alguna manera o si por pagar fuera de plazo ( aunque al mes siguiente con el recargo del 3%) se pierde el derecho de incluir estas bonificaciones.
Saludos.