Prestación baja maternidad

Hola,mi consulta es la siguiente:por tercer año,en el mes de enero mi empresa me cotiza las comisiones de todo el año anterior,como resultado la nómina del mes de enero da un importe muy elevado.El 3 de febrero di a luz a mi bebe,al detectar la Seguridad Social un importe muy elevado y muy diferente al resto de nóminas,pide a la empresa que le justifique esa nómina,dando como resultado la rectificación de la nómina.La base imponible de la nómina de enero es de 3.590€ sólo comisiones sin salario(la base imponible de enero 2013 fue de 5500€ con el salario incluido).La Seguridad Social ha rectificado la nómina pidiendo a mi empresa que las comisiones de todo el año 2013 las cotice en diciembre y ha resuelto el expediente diciendo que era PREMEDITADO Por mi parte.(Un alumbramiento es premeditado???)
-Puede la SS imponer a la empresa su forma de cotizar a su conveniencia?ya que todos mis compañeros han cotizado las comisiones en enero yymenos yo.
-En la nómina de enero mi empresa no me incluye el sueldo alegando que estoy de baja por sustitución laboral y se encarga la mutua.Esto es así?si no tengo nómina con el salario base,porque la SS me coge la nómina con el salario base?(1200€)
Espero haberme expresado correctamente,gracias por su atención y tiempo.