Despido y cantidades no pagadas pero declaradas por la empresa

Hola,
Me encuentro con la sorpresa al recibir el borrador 2011 que la empresa que me despidió informo a Hacienda que me pago mas de lo que recibí.
Tengo jucio por despido e impago. La empresa me debe 2 mensualidades que no me pago en el despido a parte del finiquito que no firme en su día. Ahora al recibir el borrador me veo que la empresa me pago mas de lo que yo con mis calculo percibí (cobro lo mismo cada mes, incluido las p.extras), por lo que haciendo cálculos me falta esos meses que la empresa declara haberme pagado por ingreso bancario.
Antes del jucio pediré un extracto al Bco de todo el año de los ingresos y también el extracto de Hacienda.
Es posible demandar a la empresa por esta mala practica?
Que repercusiones puede tener la empresa en el jucio ?
Ante Hacienda la renta la hago por las cantidades que tiene Hacienda o por las percibidas según mis cálculos??
pd: Estoy intentando que la empresa me de el certificado de Ingresos y Retenciones 2011 pero pasa el tiempo y no lo hace por lo que tendré que poner la 4º denuncia en Inspección de Trabajo.