Acta ante secretaria del trabajo o como proceder ante problemas labores

Buenas noches, me gustaría que me pudiera apoyar con una duda que tenemos mi pareja y yo:

Mi pareja labora en una empresa privada que trabaja para el gobierno de la ciudad de Mexico (SISTEMA DE AGUAS DE LA CIUDAD DE MEXICO) y desde hace tiempo han ocurrido muchísimos problemas en esa empresa desde que llego a ella el jefe actual de la oficina. Desde que este señor llego se han originado algunos problemas como estos:

En dos ocasiones no se les ha pagado su sueldo en las fechas establecidas, el jefe de oficina trata a sus empleados de manera deplorable, los supervisores no respetan la intimidad o la privacidad de sus empleados ya que de manera arbitraria revisan los cajones de donde se encuentran laborando sin haber motivo aparente para que hagan eso, el jefe de oficina les oculto a la mayoría de sus empleados una convocatoria que lanzo la empresa para que sus empleados realizaran un concurso para poder ascender de puesto, retira a los empleados de sus actividades cuando los mismos le hacen ver sus errores y no les da una explicación concisa de por que les quita su actividad, intenta desprestigiar a sus empleados ante los usuarios que acuden a la oficina a realizar sus pagos, les insinúa que realizan actos ilícitos con los mismo usuarios ( de índole monetario), el mismo jefe de oficina hostiga de manera sexual a algunas de las usuarias que acuden a esta empresa, todos estas son algunas de las muchas cosas que ocurren en esa oficina.

Mi pareja quiere recurrir a las autoridades de la secretaria del trabajo del país, pero no sabemos si se pueda levantar un acta o una queja encontrá de la empresa, por supuesto sin que mi novio salga perjudicado o saber que podemos hacer para poder denunciar todas irregularidades que han ocurrido desde hace mucho.

Por favor ayúdenos ya que no sabemos como actuar pero queremos que todas estas irregularidades se terminen.

Gracias