IT de 11 meses y nueva baja laboral

Estoy en situación de IT desde hace 11 meses. La IT es por enfermedad común (operación de cirugía ortognática en el maxilar hecha en un hospital de la Seguridad Social) y a día de hoy siguen las limitaciones funcionales. Me han dicho que tendré que volver a operarme, esta vez, del maxilar inferior o mandíbula.
Mi pregunta es la siguiente: Si cuando cumpla los 12 meses de incapacidad temporal me derivan al INSS y me conceden la prórroga por 6 meses, y transcurridos esos 6 meses me dan el alta médica y si tras el alta médica decido disfrutar de mis vacaciones no disfrutadas al final del año natural 2013 por encontrarme en situación de IT, tras esas vacaciones, ¿puedo operarme y coger una baja?. ¿Quien daría esa baja, el médico de cabecera o el INSS?. ¿Consideran esta nueva operación como la misma enfermedad?.
Si por el contrario antes de que finalicen los 12 meses de IT decido coger el alta voluntaria, hacer las vacaciones y después de las vacaciones operarme, ¿habría algún problema para que me dieran la baja por esta otra operación?.

Es que creo que tras los 12 meses paso al INSS, que es quien me puede conceder 6 meses más de baja, tendrían que pasar 6 meses para que me dieran una baja por la misma o similar enfermedad. Y si en lugar de concederme la prórroga me diera el INSS el alta, si cogiera las vacaciones y luego me operara, no sé si serían ellos también, los del INSS los que tendrían que darme la nueva baja por esta segunda operación.

Necesito orientación sobre lo que es mejor en mi caso.