Contrato antes de indefinido sin finiquitar

Hola llevo 3 años en una empresa y de esos 3, los primeros 6 meses fueron contrato de tiempo y 2 años y medio indefinido.

Cuando me hicieron indefinido no me finiquitaron ese primer contrato, mi nomina pone de antigüedad la fecha de ese primer contrato, 3 años.

Mi pregunta es si a la hora de finiquitarme los 3 años me contaría todo este tiempo o habré perdido esos 6 meses sin finiquitar.

Por otra parte un año de los 3 la empresa me tuvo a media jornada trabajando el resto de la jornada en negro, en caso de despido procedente podría denunciar esto?

muchas gracias