Incapacidad permanente Total y baja por parte de la empresa antes de los dos años

Buenas tardes, quizás esta pregunta llegue tarde, pero tengo necesidad de saber si mi empresa dejo de pagarme alguna cantidad,(como por ejemplo parte de la paga extra de Junio 2009 hasta Enero 2010 y de la extra de Diciembre de 2009, la parte correspondiente a Enero de 2010) , y si me perjudico al solicitarle a la Seguridad Social la Baja, cuando aun no habían transcurrido dos años. De mi Incapacidad permanente Total

Les expongo el caso:

El 5 febrero de 2009 me di de baja por enfermedad renal, la operación de trasplante fue el 20 de Mayo de 2009,

La Empresa continuo cotizando y abonando el salario hasta junio del 2010, (tengo el TC2 de cotización) y en esta fecha, recibo un sms, de la seguridad social, en el que me dice que mi empresa ha solicitado mi Baja de la misma.

Por tanto paso de cotizar por 3.166,20 € a 738,90 € durante 18 meses hasta mi jubilación, lo que me supone una perdida del 25% de la pensión.

Pregunta:

La empresa incurrió en alguna irregularidad, no debía de haberme comunicado la baja de la empresa o esperar a los 2 años (que según convenio y la Ley dicen que se debe guardar el puesto de trabajo por enfermedad grave, en vez de solicitar la baja a los 17 meses, y de esta manera dejo de cotizar

Creo que todo esto habrá prescrito por el tiempo que ha pasado, si no fuera así, podría reclamarle la parte proporcional de la paga extra de Junio 2009 a Enero 2010 y de la paga extra de Diciembre de 2009, la parte proporcional de Enero de 2010 e incluso pedir daños y perjuicios.

Gracias por su respuesta

Jose Manuel Ramos