Cese de autónomos estando de baja

Soy autónomo colaborador por convivencia con familiar. Estoy de baja y en dos meses vuelvo a inspección médica para propuesta de incapacidad permanente, pero resulta que el titular del negocio tiene que cerrar, por lo que yo también me quedo sin el puesto de trabajo y tengo que cesar en el régimen de autónomos. No sé cómo me puede afectar eso a la hora de la baja, sobre todo a la hora de las cotizaciones para la incapacidad, al no estar de alta, al no cotizar los dos últimos meses. Qué pasará una vez causa baja en el régimen de autónomos.

Gracias.