Puede la empresa darme de baja estando en situación de baja por IT y pasar a cobrar de la mutua

Mi compañero esta de baja temporal por contingencias comunes (según parte de baja). Ahora hace un mes que esta de baja y la empresa le ha dicho que ha partir de ahora tiene que ir a la mutua y cobrar desde allí. El caso es que le dan de baja en la empresa con finiquito y todo y se supone que luego cobrará en la mutua sin ningún problema ¿esto es así? Y ¿cuanto tiempo tiene desde que la empresa le da de baja para presentar los papeles en la mutua? Por que lo dan de baja hoy en teoría y como el contable tiene vacaciones tardarán una semana en darle la documentación.