Problemas tras volver de excedencia

Hola,
A mi prima le ha ocurrido lo siguiente. Ella es empleada en un banco. Llevaba tiempo de excedencia y se reincorporó hace poco, a jornada reducida.
Se dio cuenta de que en el trabajo le habían puesto como fecha de reincorporación 5 días
después de la fecha real. Protestó por ello y le dieron parte de razón.
Ahora su fecha de reincorporación es 1 día después de la real, con lo que pierde 1 día de cotización a la Seguridad Social. En el trabajo le pusieron como explicación que ese día se debe a que se había reincorporado de la excedencia a jornada reducida.
Mi prima tiene la mosca detrás de la oreja, pues si no hubiera protestado se hubieran quedado en 5 días. Y tras su queja, se lo "arreglan" y lo dejan así, dejando 1 día en el limbo, algo extraño. No es el primer problema que tiene con sus jefes y me preguntó a mí, que no supe responderle.
La cuestión es: ¿han hecho bien ese cómputo de días? ¿Esto depende de su trabajo exclusivamente, o de la Seguridad Social también?
Muchas gracias.