Duda comunicación IT y reclamación de cantidades

Os comento, soy autónomo y a un trabajador a mi cargo, lo operaron el día 21/05/2012, no tramitamos la baja ya que en un principio eran solo un par de semanas y de esos días su sueldo lo tenía que pagar yo de todas formas.

El problema es que ahora la baja se alarga un mes más, ¿puede pedir un aprte de baja a partir del día de la operación?

si lo consiguiese.. ¿podría reclamarle a la seguridad social todo lo que le he pagado a partir del día 16 de baja?

Es que he estado viendo todo el tema de plazos y me queda esa duda pues no hay aprtes de confirmación ni nada ya que no estaba tramitada la baja.

¿cuál es la mejor opción teniendo en cuenta que estará de baja un mes más?

Gracias de antemano.