Nómina de un administrador incluyendo la cuota de autónomo

Buenas tardes:

He de realizar la nómina de un administrador de sociedad, el caso es que como tiene la obligación de percibir retribución porque así lo dice los estatutos, he de incluir la cuota de autónomo, pero no se como he de realizarlo.

Tengo entendido que por cobrar como administrador tiene una retención del 42%. Lo que el me pide es que ya que está obligado a realizarlo que el importe a percibir salga 0 entre salario, cuota de autónomo y retención.

Estoy hecha un lio,

Muchas gracias