Contrato en practicas y baja por enfermedad

hola tengo un centro de estética y una muchacha que después de terminar sus practicas le hice un contrato de formación o de practicas,no se bien como se dice,apenas lleva un mes y medio y la han operado de la apéndice.tengo entendido que los tres primeros días no se le pagan,del 4 al 15 lo pago yo y en adelante la mutua pero le ha llegado una carta de la mutua diciendo que no tiene derecho a cobrarla, ¿porque? Y otra pregunta yo le tengo que pagar el sueldo entero menos los 3 días y luego la seguridad social me los descuenta en su seguro social? O se le paga menos que si estuviera trabajando?gracias