Clausulas en el contrato

El caso es el siguiente, resulta que un grupo de personas de nuestra empresa teníamos unas clausulas en el contrato, diferentes a los demás. Resulta que con la firma del nuevo convenio hay un punto que pone que las citadas clausulas quedaban eliminadas.

Las dudas que me surgen son las siguientes:

- Dichas clausulas no nos han hecho ningún anexo al contrato diciendo que quedan eliminadas por convenio, ¿deberían hacerlo?

- En el caso de que no nos hagan anexo al convenio, doy por hecho que esas clausulas están eliminadas por convenio, pero y ¿si termina que el convenio y al redactar uno nuevo incluyen como validas las clausulas me podrían obligar o estarían eliminadas?