Certificado Retenciones tras despido

Hola,

He recibido el certificado de retenciones de empresa para la Renta 2011 tras ser despedido y a la espera de jucio.

La empresa en este certificado dice haberme pagado mas cantidades que las ingresadas e n las transferencias efectuadas.

El jucio es por despido y cantidades impagadas (y por lo que veo la empresa pone en este certificado como si me las hubiera pagado)

Que puedo hacer porque esto me perjudica para Hacienda??, a parte de reclamarlo en el jucio.... (llevare listado de ingresos del banco)

Gracias