Retención de IRPF

Hola,  hace un par de meses que tuve que pedir una reducción de jornada por custodia legal de un menor.. Estaba trabajando 40 horas semanales y ahora trabajo 42. 5h la cuestión es que antes se me retenía un 8.1 de irpf y a partir de la reducción se me retiene un 9.17. Según la gestora de la empresa esto se debe a que se me calcula la retencion correspondiente a este año ya que se me hizo una liquidacion de prorrateo de las pagas extraordinarias y se me abona la cantidad correspondiente de dichas pagas a ese momento. Lo que no entiendo es como trabajando menos horas se me retiene mas.