Facturas con IRPF como empresa

Hola buenos días
Mi mujer esta dada de alta como autónoma pero como socia administradora de una SLNE que creamos en febrero. Ahora en Mayo ha cobrado su primer sueldo como autónoma y hemos emitido una factura a nombre de la empresa creada.
¿Cómo SLNE no podemos emitir IVA, pero no me queda claro si debemos de poner el IRPF en dicha factura o no, ya que el IRPF se emite siendo persona física y no jurídica no?. ¿O debería de haber incluido el IRPF en dicha factura aunque se haya emitido a nombre de nuestra empresa?.
Gracias de antemano por todo