Gestión procesos construcción

Espero poder echarte una mano.
Primero que tienes que tener bien definidas las actividades que realiza la empresa en cuestión, algunas las apuntas en tu mensaje: movimiento de tierras, túneles, canalizaciones...
Para enfocarlo por procesos deberías separar las actividades y definir, en cada una de ellas qué cosas se hacen. En función de lo complejo que sea tu sistema integrado y de lo compleja que sea tu empresa te costará más o menos tiempo y el nivel de detalle será distinto.
Por ejemplo puedes definir el proceso de planificación de la obra, que se llevará a cabo en las ofinicas de ingeniería. A continuación vendrá el proceso de acopio de recursos y materiales. Después vendrá el proceso de preparación del terreno, cimentación, construcción de la canalización, sellado y restauración del terreno.
Se trata de "compartimentalizar" las actividades detallando las entradas y salidas de cada una de las partes que puedas definir, indicando qué parámetros de calidad, requisitos legales y registros (entre otras cosas) se aplican en cada uno de ellos.
De cara a plasmarlo en el sistema debes quedarte en algo que sea operativo, buscando las generalidades (puede haber un proceso único de compras para toda la empresa, o de gestión de subcontratas, por ejemplo).
Nunca pierdas de vista que estos sistemas son por y para la empresa, por lo que debes definir los procesos en función de cómo puedas gestionar las actividades que en ella se hacen, no pierdas de vista que por muchos ejemplos que te puedan dar, estos sólo te servirán para hacerte una idea de cómo debes hacer las cosas, pero no intentes calcar lo que te encuentres en otros sitios, porque igual te resulta poco operativo en tu empresa.
¿Has hecho la revisión ambiental inicial? Esto puede ayudarte mucho a acotar los procesos a través de la identificación de los aspectos ambientales.
Espero haberte ayudado, si lo necesitas, no dudes en seguir preguntando.