Factura de saldo a favor

buenas tardes mi pregunta es la siguiente:

He hecho un factura de un importe, (por llamarlo de alguna forma factura falsa) y así tienen un saldo a favor.

Mi duda es: a la hora de descontar que cojo solo la base imponible??? Ya que el iva lo pago??? Y a él que le descuento??? El articulo con el iva incluido???

ejemplo:

factura de 100 + 18% iva = 118 hacia clientes y el se lleva un articulo de 10 + 18 iva, como lo hago?? Se que esto está mal pero ...