Hay muchas aplicaciones y programas que podrían ayudarte a generar una presentación para tu proyecto. Te sugiero evites PowerPoint si es que tienes un poco más de conocimiento en otros programas de diseño gráfico. ¿Por qué? Porque considero que si lo que deseas es convencer e impactar a tus clientes potenciales, tiene que ser una primera impresión que los deje con ganas de invertir en el proyecto.
Si vas a presentar esta revista online, entonces deberás mostrarles un "dummy" real del sitio web, su composición, navegación y espacios para anunciarse (aunque no esté en línea todavía); es decir, tu página principal, dos secciones y demás a través de un website sin conexión a internet. Te voy a comentar qué haría yo. Primero, crearía un video o animación con duración no mayor a los 20 o 30 segundos que presente el concepto, impacte con imágenes y el contenido que habrá y sobretodo, que se destaque esa cualidad de "diferencia" que mencionas con respecto a otras publicaciones relacionadas y usar ésta característica como ventaja competitiva. Después de ello, el dummy del sitio (aunque no tengas habilitados los vínculos o esté online el sitio) y que los clientes potenciales lo naveguen y lo "vivan". Y, lo más importante, presentar números. ¿A qué me refiero? Estadísticas de posibles personas que verán el sitio, clicks diarios o mensuales hacia la página, integración con redes sociales y demás aspectos.
Para generar estos contenidos, podrías utilizar algún editor de video (After Effects, Premiere, Sony Vegas e inclusive Movie Maker) para crear tu presentación. Tu sitio web puedes inclusive "maquetarlo" en otro programa y mostrarlo ya sea como imagen o contenido estático. Para esto puedes usar desde Photoshop, Dreamweaver o InDesign; éste último puede ayudarte a generar contenidos para diversos dispositivos (iPad, iPhone y web).
Cualquier cosa, estoy acá para aclarar tus dudas. Un saludote.