¿Existe algún modo de vender la propiedad de un restaurante sin la vivienda adjunta?

El tema que planteas es más de un abogado que de mi especialidad. Te aconsejo que hagas esta pregunta en la sección legal de Todoexpertos, donde te ayudrán mejor que yo. DE todos modos, te indico que la acción de la Comunidad de Propietarios y del ayuntamiento prescribe a los 5 años, por lo que si construyeron su vivienda hace 20 años, toda acción de la Comunidad y del propio ayuntamiento estará prescrita y por lo tanto, la obra es ya legal, salvo que atente contra las disposiciones de leyes superiores como la Ley de Costas.
Para ejercer lo anterior, debes de poder demostrar cuando se construyó la vivienda. Cualquier documento, como las facturas del constructor, planos, catastro, IBI, etc, sirve como demostración. En ese caso, al estar la vivienda "legalizada", un abogado, con los correspondientes recursos, debería de poder segregarla del local.
Aún así, existe siempre la posibilidad de, mediante un contrato privado, vender el local y dejaros en propiedad la vivienda. Es cierto que es arriesgado, pero el contrato privado, si está bien redactado, tiene fuerza legal y aunque no podría inscribirse si no se segrega la vivienda, dejaría claramente que esa parte del "local" es vuestra y no se transmite.

El artículo 8 de la ley de la propiedad horizontal dice:
Los pisos o locales y sus anejos podrán ser objeto de división material, para formar otros más reducidos e independientes, y aumentados por agregación de otros colindantes del mismo edificio, o disminuidos por segregación de alguna parte.
En tales casos se requerirá, además del consentimiento de los titulares afectados, la aprobación de la junta de propietarios, a la que incumbe la fijación de las nuevas cuotas de participación para los pisos reformados con sujeción a lo dispuesto en el artículo quinto, sin alteración de las cuotas de los restantes.
Está claro que el problema principal es que no tuvisteis el permiso de la junta de propietarios en su día y actualmente no lo conseguís requisito indispensable para poder hacerlo.
Sin embargo, lee los estatutos de la comunidad ya que hay algunos que sorprenden a la hora de dar permisos. Si en los estatutos no indica permiso sin previa autorización de la junta de propietarios, lamento decirte que no tienes otra opción que intentar llegar a un acuerdo con la junta de propietarios. Quizás una compensación económica,...
La venta la haréis como local, porque l que compra verá en el registro que no hay permiso de vivienda, con lo cual será el acuerdo que lleguéis con el comprador.

Gracias por su respuesta, es cierto las cosas no se hicieron bien en su momento. El negocio lleva funcionando más de treinta años sin problemas, pero hay una nueva directiva en la comunidad de propietarios que no quieren tener un negocio de restauración en el edificio y parte de la comunidad está enemistada con mi padre por lo que la aprobación de toda la comunidad se vislumbra como algo imposible. Acabo de consultar y según me han informado la comunidad no tiene estatutos, ¿esto nos da alguna posibilidad de actuar sin su aprobación para la segregación?, ¿Existe alguna posibilidad de vender la parte del negocio con por metros cuadrados a través de la sociedad que lo explota?. Haber si encuentro alguna solución antes de que la sangre llegue al río entre mis padres. Repito, gracias por brindarme su amabilidad y su tiempo.

Si no hay estatutos hay que regirse por lo que se indique en la Ley de la Propiedad Horizontal, así que por ahí no podéis continuar.
Cuando vendéis la propiedad la podéis vender al 100% o sólo un porcentaje. Quiero decir, que puede haber copropietarios indicando por ejemplo en escrituras quién tiene derecho de uso sobre qué. Quizás esa fuese una opción si llegáis a un acuerdo con el comprador. Eso sería acuerdos entre comprador y vendedor que serán reflejados en escritura y luego en registro, podéis indicar los usos, usufructos, derechos, y obligaciones.

La situación que plantean es complicada ya que al tratarse de una construcción ilegal deberían contar con el visto bueno del comprador ya que de lo contrario no firmaría jamás al no estar escriturada la vivienda como tal.
De su explicación no queda claro que parte de la construcción es legal y cual es ilegal, al mismo tiempo que de pasada indica que existe una comunidad de propietarios que no permite la segregación.
En estos momentos la venta de cualquier inmueble es complicada así que imagine cuando además hay "cosas raras de por medio".
Antes de vender - habría que analizar cual es la situación y los problemas a los que se enfrenta su padre y ver si son salvables de algún modo por otra vía como por ejemplo traspasando la explotación del local.
Así que con los datos que aporta no puedo aportar excesivas soluciones.
Es necesario como primer paso conseguir la legalización y ver que impedimentos existen.
Hay muchas preguntas que hacer y pocas respuestas en su redactado.