Infección intestinal y anticonceptivos orales

Que sucede si estoy tomando pastillas anticonceptivas perfectamente y de pronto me diagnostican una bacteria o parásito intestinal pero sin que esto me de diarrea ni vómitos, sino solo gases y mucosidad en las heces. Quería saber si esto podria restarle eficacia a las pastillas estoy preocupada, gracias