Análisis de flora intestinal

Te confieso que no había escuchado hasta ahora una relación directa entre colonización por PV y trastornos de orden digestivo. Esta bacteria es comensal del intestino grueso y se asocia más a infecciones urinarias e infecciones en heridas.
Con respecto a la dieta, te diría que trates de consumir yogur´s, Kefir u compuestos farmacéuticos que venden para ayudar a compensar la flora intestinal, estos últimos tienen principalmente el L. acidophilus que mencionas, aunque otros más completos traen ademas Bifidobacterium bifidum, Streptococcus thermophilus, Lactobacillus plantarum, etc.. Con respecto a la dieta, yo simplemente mantendría una dieta balanceada, pero no haría cambios significativos a la misma (Siempre y cuando sea una dieta balanceada), y trataría a la supuesta colonización con los productos que te mencione antes. No te recomiendo que empieces por los antibióticos, estos generalmente afectan a otras bacterias de la flora intestinal y pueden en un momento dado descompensarte aun más.
Exámenes para cuantificar enterobacterias en intestino, pues la verdad no los conozco, los aislamiento de ciertas bacterias que se saben son patógenas (Cepas de E. coli EPEC, ETEC, EIEC, Yersinia, Salmonella, Shigella, etc..) son más de orden cualitativo cuando se buscan a nivel intestinal. Las bacterias que mencionas son comensales intestinales (SI! Hasta la E. coli) y su cuantificación al menos de rutina, que yo sepa, no se hace. Total dices que a nivel de investigación se cuantifican con FISH, primera vez que oigo aquello, así que no puedo refutartelo, sin embargo, te puedo decir que el FISH (Fluorescent In Situ Hibridization) es una técnica en la cual se usan secuencias de DNA "marcadas" con un antígeno. Esas secuencais creadas In Vitro se ponen a reaccionar con paneles en donde se encuentra el DNA problema que a sido previamente denaturalizado (OJO: se habla de denaturalizar al DNA cuando este por tratamiento físico -generalmente calor- o químico se separa dejándolo como dos hebras independientes. El DNA denaturalizado vuelve a unirse entre si, o a cualquier secuencia homologa cuando las condiciones del medio se normalizan, esto es, baja la temperatura o se neutraliza la sustancia adicionada para separarlo) Este DNA denaturalizado y el DNA marcado con el antígeno se unen, luego se exponen los paneles a anticuerpos dirigidos contra el antígeno usado como marcador. Dicho anticuerpo posee en su fracion FC (O sea, la parte que no se una al antígeno por decirlo así) una molécula de alguna sustancia fluorescente. De esta manera, al exponerse los paneles a un rayo de luz adecuado que excite a la molécula marcadora, habrá un brillo que podrá detectarse, indicando que en el panel determinado, el DNA analizado tiene una secuencia homologa al DNA que se adiciono para rastrearlo.
Para terminar debo decirte que yo vivo en Colombia, por lo que no puedo afirmar a ciencia cierta las metodologías que de rutina se hacen en España, sin embargo con respecto a tu problema, no te recomiendo que te trates con antibióticos la bacteria que mencionas (PV), empieza mejor por tratar de equilibrar tu flora intestinal con los productos que mencione en lineas anteriores, creo que esto es más prudente que comenzar a jugar con antibióticos que quizás alteren aun más tu flora intestinal. Solo inicia el tratamiento antibiótico si tu medico de cabecera te lo indica como absolutamente necesario y no te brinda otras opciones más conservadoras, ah!, por cierto, asumo que los antibióticos que tienes en mente te los receta tu medico, cuidado con automedicarse antibióticos, aunque no lo parezca, a largo plazo es muy peligroso.